او نقدهایش درباره برجام را در شبکه افق صدا وسیما و وب‌سایت مدرسه کالک وابسته به بسیج دانشجویی و مرکز رشد دانشگاه امام صادق منتشر کرد و مقدمه‌ای هم بر نسخه فارسی کتاب خاطرات وندی‌شرمن، مذاکره‌کننده تیم هسته‌ای نوشت.

کتاب "بدون هراس"خاطرات وندی شرمن (رئیس تیم آمریکا در مذاکرات ۱+۵ ایران) از زوایای پیدا و پنهان مذاکرات هسته‌ای کشور با ۱+۵ است که انتشارات سروش آن را با ترجمه دکتر محمد جمشیدی و حافظ رستمی و با مقدمه علی باقری به چاپ رسانده است.

از این رو سیاست ورزی او متاثر از شاگردی سعید جلیلی در رویکرد آرمانگرایی تنش زا قرار می گیرد. باقری در گفت‌وگویی درباره حضور کوتاهش در صداوسیما و انتقالش به وزارت خارجه در ۱۳۷۳ خورشیدی می‌گوید:

«ابتدا در بخش معاونت عربی آفریقایی، اداره اول خاورمیانه عربی و شمال آفریقا بودم که موضع لبنان، فلسطین، اردن، مصر، رژیم صهیونیستی را درواقع در آنجا پیگیری می‌کردم، بعد مجدد به وزارت خارجه برگشتم و رفتم معاونت بین‌الملل. در مهر ۸۶ آقای جلیلی دبیر شورای عالی امنیت شدند، از وزارت خارجه رفتند. رفتن ایشان مصادف با یک سری تغییرات ساختاری در وزارت خارجه شد، معاونت اروپا-آمریکا تبدیل به معاونت آمریکا شد. در آن دوره‌ای که ایشان دبیر شورای عالی امنیت ملی شدند، بنده چند ماهی معاون اروپا بودم و بعد از یک مدتی با صحبتی که آقای دکتر جلیلی شد، ایشان احساس کردند اگر بنده به دبیرخانه بروم مؤثرتر خواهم بود، برای همین در سال ۸۷ از وزارت خارجه به دبیرخانه رفتم. تا اواخر شهریور ۹۲ که دکتر جلیلی دبیر شورای امنیت ملی بودند، من معاون ایشان در آن عرصه بودم. چون بحث مذاکرات هسته‌ای از قبل به دبیرخانه محول شده بود ایشان مسئول مذاکرات بودند از طرف جمهوری اسلامی ایران و من به جهت این‌که معاون سیاست امنیت بین‌الملل بودم درواقع کمک‌کار ایشان در امور مذاکرات بودم.»

باقری بعد از خروج ترامپ از برجام و همزمان با تصدی قوه قضاییه از سوی ابراهیم رئیسی، در تاریخ ۸ دی ماه سال ۱۳۹۸ به عنوان معاون امور بین الملل و رئیس ستاد حقوق بشر قوه قضاییه منصوب شد. ستاد حقوق بشر زیر مجموعه قوه قضاییه است و در دوران ریاست مرحوم آیت الله هاشمی شاهرودی و با تصویب رهبرانقلاب در سال ۱۳۸۴ تاسیس شده است، و نقش دستگاه دیپلماسی قوه قضاییه را ایفا می کند، و در مجامع جهانی پاسخگوی اتهامات مربوط به نقض حقوق بشر در ایران است. پیش از باقری کنی، محمدجواد لاریجانی به مدت ۱۴ سال ریاست ستاد حقوق بشر قوه قضاییه را برعهده داشته است.

علی باقری که از همان روزهای نخست پیروزی ابراهیم رئیسی در انتخابات ۱۴۰۰، یکی از گزینه‌های احتمالی وزیر وزارت خارجه، باقری کنی بود. حتی عکس‌هایی از حضور او در وزارت خارجه در کنار محمدجواد ظریف برای گرفتن رشته امور دست‌به‌دست می‌شد؛ اما درنهایت این پست به حسین امیرعبداللهیان رسید.

علی باقری همزمان با افزایش گمانه زنی ها درباره ابعاد نظامی برنامه هسته ای ایران، در ملاقات با رافائل گروسی که هفته پیش انجام شد «ضمن اشاره به اهمیت همکاری‌های ایران و آژانس، بر ضرورت بی طرفی و حرفه ای گری آژانس به عنوان یک سازمان تخصصی تاکید کرد. »

باقری که از زمان آغاز ریاست جمهوری ابراهیم رئیسی مسئول پیگیری مذاکرات غیرمستقیم ایران با امریکا شده است، نتوانسته مذاکرات وین را که در ماه های پایانی دولت روحانی در آستانه پذیرش طرفین رسانده بود به نتیجه رفع تحریم ها منتهی کند.

او همچنین اوایل اردیبهشت ماه سال جاری که در مقام معاون سیاسی وزیر امورخارجه ایران برای شرکت در نشست معاونین وزیران امورخارجه و نمایندگان ویژه کشورهای بریکس در امورخاورمیانه به مسکو سفر کرده بود، با «میخائیل باگدانف» نماینده ویژه رئیس‌جمهور روسیه و معاون وزیر امورخارجه در امور خاورمیانه و شمال آفریقا دیدار کرد. اگرچه روسیه از زمان آغاز دولت سیزدهم به واسطه مذاکرات ایران و امریکا تبدیل شده اما جنگ اوکراین به عنوان مولفه ای مهم اثرگذار بر مذاکرات برجام تاکنون توانسته سایه گسترده ای بر مذاکرات ایران و غرب بیندازد.

پیشتر نیز باقری و مورا مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا در ژنو سوئیس در آبان و دی ماه نیز با یکدیگر دیدار و درباره مسائل برجامی و منطقه‌ای گفت‌وگو کرده بودند.