پل تاریخی سی و سه پل اصفهان با چالش‌های متعددی مواجه است. از جمله این مشکلات می‌توان به یادگاری‌نویسی‌های کوچک و بزرگ و آسیب‌های ناشی از فعالیت‌های انسانی اشاره کرد. همچنین، ترک‌های نگران‌کننده‌ای در این بنا مشاهده می‌شود که متأسفانه هنوز پژوهش دقیقی برای شناسایی علل آن انجام نشده است.