به گزارش نبض بازار، پس از سقوط رژیم طالبان در سال ۲۰۰۱ میلادی، ملاعمر هیچ‌گاه در انظار عمومی ظاهر نشد تا سرانجام خبر مرگش منتشر شد.

در سال ۱۳۹۴  اداره امنیت ملی افغانستان مرگ ملاعمر، رهبر گروه طالبان را تأیید کرد.

در بیانیه رسمی که از دفتر اشرف غنی، رئیس‌جمهوری وقت افغانستان منتشر شد، آمده‌است که ملا عمر در آوریل ۲۰۱۳ میلادی در بیمارستانی در شهر کراچی پاکستان درگذشته است.