به گزارش نبض بازار، بخش از زمین‌های شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی در تهران و شهرستان‌ها در اختیار سایر اشخاص و سازمان‌ها از جمله گمرک، شهرداری، شرکت هواپیمایی جمهوری اسلامی و... قرار دارد که صورت ریز و نحوه واگذاری آن‌ها مشخص نمی‌باشد.

همچنین تعداد ۲۷۷ فقره اسناد مالکیت زمین‌ها و ساختمان‌ها به نام این شرکت نیست و در مواردی اسناد مالکیت فاقد متراژ تعیین شده می‌باشد و در نتیجه حصول اطمینان از صحت تمامیت ثبت اموال مذکور در دفاتر برای سازمان حسابرس مشخص نیست.